Unter dem Heterozygoten-Nachteil versteht an das Phänomen, dass Individuen einer Population, die in einem bestimmten Merkmal heterozygot sind, einen geringeren Fortpflanzungserfolg (Fitness) haben als die homozygoten Individuen. Ein schönes (ausgedachtes) Beispiel zum Heterozygoten-Nachteil finden Sie auf der Evolutionsbiologie-Seite zur Selektion.
Allerdings findet man in der Literatur oder im Internet so gut wie keine Informationen zum Heterozygoten-Nachteil. Meistens sind heterozygote Lebewesen gegenüber homozygoten sogar im Vorteil, man spricht dann von einem Heterozygoten-Vorteil oder von einer Heterosis.